כדי להבטיח את הביצועים האופטימליים של מפריד השמן, יש לכוון תשומת לב מיוחדת לתפעול שלו ללא פשרות. החל מהסיבובים הכלליים, בדיקת המאכלס, בדיקת הפאנלים והמדיה התורמת, ועד לבדיקות תקינות, כל אלה חייבים להיות במצב מצוין ללא דליפת, חסימה או נזק כלשהו. גם ניקוי צינור שמן של מפריד השמן צריך להיעשות כדי למנוע נשפכים של שמן מופרד. בהתאם לסוג של מפריד השמן, עשויים להיות דרושים פעולות נוספות כמו ניקוי, החלפת או פתיחת מסננים שנחסמו. מפריד שמן שמוחזק בצורה נכונה מאריך את חיי הפעולה של רכיבי העזר של המנוע מכיוון שהשמן מוסר בצורה יעילה מהגזים של המיכל.
