เพื่อรักษาประสิทธิภาพที่ดีที่สุดของตัวแยกน้ำมัน ควรมุ่งเน้นไปที่การดำเนินงานโดยไม่มีข้อเสียใดๆ ตั้งแต่การตรวจเช็คทั่วไป การตรวจสอบตัวเครื่อง การตรวจสอบแผ่นกั้น และสื่อกลางสำหรับกรอง จนถึงการตรวจสอบประจำ ทุกอย่างจะต้องอยู่ในสภาพที่ดีที่สุด โดยไม่มีการรั่วไหล อุดตัน หรือความเสียหายใดๆ การทำความสะอาดทางระบายน้ำมันของตัวแยกน้ำมันก็ควรทำเพื่อป้องกันไม่ให้น้ำมันที่แยกแล้วล้นออกมา ขึ้นอยู่กับประเภทของตัวแยกน้ำมัน อาจจำเป็นต้องดำเนินการเพิ่มเติม เช่น การทำความสะอาด สื่อกลางสำหรับกรอง การเปลี่ยนใหม่ หรือการแก้ไขปัญหาการอุดตันของฟิลเตอร์ที่เกินกำหนดเวลา การบำรุงรักษาตัวแยกน้ำมันอย่างเหมาะสมจะช่วยยืดอายุการใช้งานของชิ้นส่วนเสริมของเครื่องยนต์ เนื่องจากน้ำมันจะถูกกำจัดออกจากก๊าซในกระบอกสูบได้อย่างมีประสิทธิภาพ